1981年，国务院批准开通西安至香港航线，设立西安航空口岸，同时批准设立西安海关。1984年5月1日，西安海关正式开关。关区范围最初为陕甘宁青四省区，1989年9月调整为陕西省。

西安海关是一个内陆海关，诞生于改革开放，又服务于改革开放，并在改革开放中不断发展壮大。建关30年来，随着陕西地区对外开放的不断扩大，西安海关的业务量、工作量迅速增长，机构人员也不断扩充。目前，西安海关内设1个副厅级机构（缉私局），11个内设处室（办公室、关税处、监管通关处、统计处、稽查处、技术处、财务处、关务保障处、人事教育处、思想政治办公室、监察室），3个派驻机构（风险防控中心、、现场业务处、驻邮局办事处）、5个隶属海关（西安咸阳机场海关、宝鸡海关、延安海关、渭南海关、榆林海关）和2个直属事业单位（后勤管理中心、中国电子口岸数据中心西安分中心）。现有干部职工350余名，本科以上学历占87%。